О проекте Московская электронная школа пишут много, говорят и снимают о нем. Как у любого большого проекта, у МЭШ есть приверженцы и противники. Большая часть критики последнего касается качества контента – загруженных учителями сценариев уроков, которые часто содержат предметные ошибки и лишены методики построения урока. Учитель истории московской гимназии на Юго-Западе №1543 Леонид Кацва, делая подробный анализ в Фейсбуке одного из сценариев урока по истории («Полицентризм на Руси»), делает вывод: «Чему, кроме антиисторизма, можно так научить?».

По словам Руководитель столичного Департамента образования Исаак Калин не несет ответственности за наполнение электронной школы, поскольку её контент создаётся учителями.

Городской методический центр проводит модерацию материалов, чтобы они не нарушали законы РФ. Содержание МЭШ создаётся самими учителями. От их способности делиться с коллегами и от их умения выбирать материалы зависит его будущий вид.